A cirurgia endócrina é a modalidade dedicada ao tratamento cirúrgico de doenças que acometem as glândulas endócrinas. Não se constitui em especialidade médica reconhecida, e possuí caráter multidisciplinar, visto que determinadas glândulas são abordadas por outras especialidades, que não a cirurgia geral, sendo o caso da hipófise, dos testículos e dos ovários.

As patologias relacionadas ao pâncreas, que também possui função endócrina, já foram englobadas na cirurgia do aparelho digestivo e as questões relacionadas à obesidade, na cirurgia bariátrica.

Destacamos nesse capítulo as doenças da tireóide, paratireóide e supra-renal, especialmente os nódulos tiroidianos e o hipertireoidismo, difuso (Doença de Graves) ou nodular (Doença de Plummer).